为解决21世纪亚太地区粮食安全及农业可持续发展问题，1997年李鹏总理访问日本期间，与日本政府首相乔本龙太郎达成了在中国农业科学院建立“中日农业技术研究发展中心”、利用日本政府无偿援助资金开展《中国可持续型农业技术研究发展计划》的协议。2000年12月21日，对外贸易经济合作部龙永图副部长与日本驻华大使谷野作太郎分别代表两国政府签署了政府间换文，启动了迄今为止中日农业领域最大的无偿援助项目。
       根据项目合作协议，日本政府提供总价值14.4亿日元（约合1亿元2千万人民币）的无偿援助研究器材，派出常驻专家组和若干短期专家。中方提供研究基础设施及项目所需要的全部费用和研究人员。2001年7月10400平方米的中日中心大楼竣工，2001年8月完成无偿援助器材的采购招标，2002年1月开始接受无偿援助器材，至2002年6月“中心”正式投入运行。
       “中日农业技术研究发展中心”（以下称“中日中心”）是在中国农业科学院深化改革的大框架下，新建立的一个新体制、开放式、有法人资格、有条件进入国家农业技术创新基地的技术研究开发机构。“中日中心”以农业环境与可持续发展研究所为法人依托，集聚了作物科学研究所、资源区划研究所、饲料研究所及情报研究所等单位60多位客座研究人员，组成了包括日方专家在内总规模达200余人的科技队伍开展“中国可持续农业技术研究发展计划”。
       由中国政府投资建设的一万多平方米宽敞明亮的实验楼内，装备有日本政府无偿援助的877台套先进的仪器设备，可供分子技术育种、土壤肥料研究、农业环境测定、微生物发酵、农产品品质测定与加工、病虫草害防治、农业信息、气象灾害防治研究等多领域研究使用。
       2002年1月，中日中心中方及日方有关人员在3个月内接收了由日本政府无偿援助的877台（套）仪器设备，单价超过2万美元的援助设备约达百台（套）以上。目前，大部分仪器设备都在有效的使用，在项目的科研工作中发挥者重要作用。
       以大型仪器设备为基础装备的中日中心公共实验室是目前较先进的开放实验室。公共实验室新引进各种先进仪器50多台件，价值约160万美元。包括光谱系列、色谱系列、质谱系列、元素分析仪和电化学滴定装置等大型仪器，还有高速冷冻离心机、微波消解系统、超声波处理器等多种样品前处理用的先进小型仪器。大型仪器均配有仪器控制和数据处理软件工作站，不但提高实验的精确度，而且操作方便。能够进行各种元素含量的测定，有机、无机化合物的分离、鉴定、定量分析和有机物结构分析。适用于农业科学、生物科学、化学工业、环境保护等多种领域的不同分析需求。
       作为中国农业最大的国际合作项目，“中日中心”将建成中日两国乃至东南亚地区可持续农业技术领域的国际合作与交流的窗口和平台，并有条件建成本技术领域的具有世界水平的国家实验室和国际开放实验室。以此为依托，“中国可持续农业研究发展计划”立足于加强农作物品质改良；对高效低耗耕作栽培技术、节水技术、环保型植保技术；农业废弃物无害化技术；产地环境监测与过程控制等技术进行研究与开发，同时扩大可持续农业技术的交流与示范。项目的实施将有力地推动中国可持续农业技术的研究、开发与推广，促进我国在提高水土资源利用率、降低农业环境污染、强化产地环境管理等技术领域与国际同步，从而为保障我国食物安全、促进农业可持续发展和提高农产品的国际竞争力提供强有力的技术支撑。
       为实现以上目标，“中日中心”设置了作物品种改良、土壤改良与节水农业、农业环境工程、生物灾害综合防治、农产品加工、有益生物资源利用、气象灾害防御等7个研究室，并根据无偿援助设备的功能设立了25个专业实验室，建立了北京、山西、黑龙江和宁夏等试验示范基地，具备了开展可持续农业技术研究领域国际合作研究、自主开发研究、技术推广和信息传播的良好条件。